Usytułowanie ośrodka na wybrzeżu Bałtyku zapewniało mu bezpieczeństwo i pozwalało na kontrolę lotu próbnych egzemplarzy rakiet na obszarze ponad 350 kilometrów. Wystrzelenie pierwszego pocisku nastąpiło 3 października 1942. Przy okazji badań militarnych opracowano tu również systemy radarowe do nawigacji nocnej oraz wdrożono pierwszy w świecie system telewizji przemysłowej.


W latach 1943-1944 ośrodek był kilkakrotnie bombardowany przez lotnictwo alianckie. W wyniku nalotów Niemcy zdecydowali się przenieść produkcję i badania do podziemnego kompleksu kopalni w Mittelbau-Dora, w którym pracowali więźniowie sprowadzeni z obozów pracy. Założony dla nich przy kopalni obóz w większej części znajdował się pod ziemią, baraki umieszczono w specjalnie wykutych w skałach galeriach. Ocenia się, że w czasie funkcjonowania ośrodka, w wyniku nadludzkiej pracy, głodu, chorób i brutalnych metod traktowania, zginęło około 20 tysięcy robotników przymusowych.
Po zakończeniu wojny, w wyniku porozumień miedzy aliantami, centrum w Peenemünde zostało zniszczone. Zachowała się jedynie elektrownia, obecnie przerobiona na muzeum, lotnisko i linia kolejowa do pobliskiego uzdrowiska w Zinnowitz.


Większość nazistowskich naukowców została przechwycona i wywieziona do Stanów Zjednoczonych. Jeden z szefów ośrodka- Wernher von Braun pracował po wojnie na rzecz USA badając zastosowanie rakiet do celów militarnych i cywilnych.
Od 1992 roku Peenemünde to miejsce pamięci i ośrodek edukacji historycznej. Prezentowane są w nim informacje dotyczące historii osady, a szczególnie okresu prac nad bronią rakietową zarówno w czasie wojny, jak i po niej.


Wstęp 6 euro, za zwiedzanie łodzi podwodnej opłata dodatkowa. Więcej szczegółowych informacji, również w jezyku polskim, na stronie muzeum http://www.peenemuende.de